نیکنام در یک اتاق گفت و گو در کلاب هاوس اظهار کرد که برای انتخابات ششمین دوره شوراهای شهر و روستا از حوزه تهران ثبت نام کرده، اما او را با عنوان "عدم التزام به اسلام" رد صلاحیت کرده اند.
شهری شورای شهر یزد است. او سابقه دو دوره عضویت در شورای شهر یزد را دارد.عضویت سپنتا نیکنام در دوره پیشین شورای شهر یزد نیز با حاشیه‌های بسیار همراه بود. او در انتخابات سال ۱۳۹۶ یعنی در دوره پنجم انتخابات شورای شهر یزد، بار دیگر برای ورود به شورا رأی آورد، اما پیروزی او به یکی از مشاجرات محوری در نزاع میان اصلاح طلبان و اصول‌گرایان بدل شد.
علی‌اصغر باقری، نامزد اصول‌گرا که در انتخابات شورای شهر یزد رأی نیاورده و شکست خورده بود، از سپنتا نیکنام شکایت کرده و کرسی او را حق خود دانسته بود. به دنبال این شکایت دیوان عدالت اداری در حکمی عضویت نیکنام را به دلیل مسلمان نبودن او معلق کرد و نظر شورای نگهبان را جویا شد.
احمد جنتی دبیر شورای نگهبان با انتشار ابلاغیه‌ای "عضویت پیروان اقلیت‌های مذهبی در شورای شهرهایی با اکثریت مسلمان را مغایر موازین شرعی" اعلام کرد.
انتشار این خبر با اعتراض‌های بسیاری روبرو شد تا اینکه مجمع تشخیص مصلحت نظام عضویت سپنتا نیکنام را در شورای شهر یزد تأیید کرد.
مجید انصاری، از اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام به ایلنا، گفته بود: «مجمع تصویب کرد که همان قانون ۱۳۷۵ احیا و اقلیت‌های دینی بتوانند در انتخابات شورای شهر شرکت کنند» و تأکید کرد که سپنتا نیکنام عضو زرتشتی شورای شهر یزد می‌تواند "به شورای شهر یزد بازگردد".
انتخابات شوراها 28 خرداد ماه و همزمان با انتخابات ریاست جمهوری برگزار می شود. براساس گزارش ها ردصلاحیت های گسترده ای توسط هیات های اجرایی و نظارت رخ داده است.
واکنش‌ها به ردصلاحیت سپنتا نیکنامرد صلاحیت سپنتا نیکنام این بار کمتر مورد توجه قرار گرفته است با این حال واکنش هایی در شبکه های اجتماعیی به دنبال داشت.
بسیاری از کاربران اتفاق رخ داده را عجیب می دانند آنها می گویند چگونه یک فرد زرتشتی باید به اسلام التزام داشته باشد. آذر منصوری فعال سیاسی اصلاح طلب در این باره در توئیتی نوشت: "از عجایب دیگر هیات های نظارت مجلس یازدهم اینکه سپنتا نیکنام عضو زرتشتی شورای شهر یزد را بعد از سالها نمایندگی مردم در شورای شهر یزد، به دلیل عدم التزام به اسلام رد صلاحیت کرده است.!!"
کاربر دیگری هم در این باره نوشت: «اگر همه ی رد صلاحیت ها نه، اما حتی یک سوم از آنها مثل رد صلاحیت سپنتا نیکنام باشد باید به شکلی جدی تر از پیش نگران بود! آخه رد صلاحیت یک زرتشتی به علت عدم التزام به اسلام؟!»
پدارم سلطانی عضو اتاق بازرگانی و فعال اقتصادی نیز معتقد به وجود رویکرد دوگانه درباره حقوق اقلیت‌هاست. او در این باره نوشت: «کسی که ریشه چند هزار ساله در این کشور دارد را نمی‌گذارند عضو شورای شهر شود، اما کانالهای صداو‌سیما پر است از برنامه و خبر در حمایت از حقوق سیاهان آمریکا.»
برخی هم می گویند نیکنام باید در همان یزد نامزد انتخابات می شد. کاربری نوشته است: "ردصلاحیت جناب آقای سپنتا نیکنام را ناجوانمردانه و خلاف حقوق شهروندی میدانم. ولی ای کاش ایشان در همان یزد نامزد میشد و به خواست "اصلاح طلبان" و "اعتدالیون" برای کاندیداتوری به تهران نمی‌آمد. ایشان ابزار پروپاگاندا شد."
