کریمی قدوسی با انتشار توییتی ادعا کرده است که «جناب روحانی در زمان ریاست شما بر قوه مجریه و با اصرار دشمن و تاکید شخص جنابعالی دانشمند هسته‌ای کشورمان دکتر محسن فخری‌زاده با یوکیا آمانو مدیرکل سابق آژانس بین‌المللی انرژی اتمی ملاقت داده شد، قطعا روزی باید در محکمه عدالت پاسخگو باشید که این چنین راحت سرمایه های کشور را در دسترس جاسوسان و قاتلان موساد قرار دادید.»
بهروز کمالوندی سخنگوی سازمان انرژی اتمی در پاسخ به استعلام معاون دفتر رئیس جمهوری درباره ملاقات شهید فخری‌زاده با مدیرکل پیشین آژانس بین‌المللی انرژی اتمی نوشته است: «در خصوص توییت آقای کریمی قدوسی نماینده محترم مجلس شورای اسلامی به استحضار می رساند، شهید عزیز جناب آقای محسن فخری‌زاده هیچ‌گاه در هیچ ملاقاتی چه با مدیرکل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی و با هیچ بازرس و مقامی از آژانس دیدار، مصاحبه، ملاقات و مذاکره نداشته است و بدین وسیله به اطلاع می‌رساند محتوای توییت مورد اشاره به هیچ وجه صحت ندارد.»
علیرضا معزی معاون ارتباطات و اطلاع‌رسانی دفتر رئیس جمهوری با انتشار تکذیبیه سخنگوی سازمان انرژی اتمی در توییتی نوشته است: «دروغ بستن بی‌پروا و بازیچه‌کردن بی‌شرمانه خون شهیدی که فراتر از نام‌ها و رنگ‌ها، سرمایه یک ملت بود، ترور «انسجام ملی» است. اینچنین فروغلتیدن در تله قاتلان، حتی اگر خیانتی آگاهانه هم نباشد نیازمند پیگیری دقیق‌تر انگیزه‌هاست. اصرار چندساله بر دروغگویی، اصلا عادی نیست.»
