هجمه‌هایی که از نوشتن گزارش و مقاله علیه او تا ممانعت از نطقش در مجلس و حمله‌ی فیزیکی در شیراز و «کارگذاشتن شنود» در دفتر کارش تا شعار «مرک بر منافق» در راهپیمایی روز قدس را شامل می‌شود؛ اما هیچ‌یک موجب تغییر مواضع او نشده است.
تغییر آشکاری در موقعیت سیاسی مطهری در دو دهه‌ی گذشته دیده می‌شود: زمانی مقالات او در کیهان چاپ می‌شد و اصولگرایان حامی اصلی او بودند، امروز مطبوعات اصلاح‌طلب سخنان او را «تیتر یک» می‌کنند و اصلاح‌طلبان، حامی اصلی او هستند؛ حال آن‌که مطهری این دسته‌بندی‌ها را نیز قبول ندارد!
علی مطهری که پیش از ورودش به عرصه سیاست مشغول تدریس در دانشگاه تهران و انتشار کتابهای پدرش بود، با مقاله‌های انتقادآمیزش در دوران اصلاحات بیشتر شناخته شد؛ مقاله‌هایی که در آنها عمدتا دیدگاه‌های فرهنگی اصلاح‌طلبان را زیر سؤال می‌برد و به تفسیر آنان از ولایت فقیه و برداشتشان از اسلام می‌تاخت. او در عین حال اذعان داشت که وضع آزادی تفکر و آزادی بیان در دولت اصلاحات به معیارهای اسلامی نزدیکتر شده است.
او برای این وارد عالم سیاست شد «که افکار شهید مطهری بیشتر پا بگیرد»؛ چون احساس می‌کرد توجه کافی به آن وجود ندارد و اگر جایگاه قانونی داشته باشد بهتر می‌تواند حرف‌هایش را به جامعه بزند.
مطهری که به خاطر انتقاد از آنچه دست‌آویز شدن واژه‌ی «فتنه» می‌خواند، توسط یکی از نمایندگان مجلس به «پسر نوح تشبیه» شد، درباره‌ی رسالت نمایندگی در مجلس معتقد است: «معمولاً نمایندگان مجلس... در آنجا که تزاحمی میان حقوق ملت و حقوق نظام پیش می‌آید از حقوق ملت به بهانه‌ی حفظ نظام دفاع نمی‌کنند.» (ایسنا ۱۳۹۴/۹/۶)
وقتی مطهری از وضع پوشش بانوان در دوران «دولت مهرورزی» به تندی انتقاد کرد و مشایی و احمدی‌نژاد را مقصر دانست، دادستانی علیه او اعلام جرم کرد. واکنش مطهری به این اتفاق این بود: «اینجانب... به نوبه‌ی خود اجازه‌ی ایجاد اختناق در کشور و انحراف در انقلاب اسلامی را نخواهم داد.»
اصلاح‌طلبی، اصولگرایی و راه سوم
مطهری گرچه منتقد جدی دولت اصلاحات و تفکر اصلاح‌طلبی بود، اما درباره آنان گفته بود: «اکثر آنها افرادی متدین، انقلابی و علاقه‌مند به آینده‌ی انقلاب اسلامی هستند.» (ایسنا ۱۳۸۱/۲/۷)
اما دلیل گرایش بخشی از مردم به اصلاح‌طلبی را نه به حساب افکار و ایده‌های اصلاح‌طلبان بلکه به رابطه‌ی قلبی و عاطفی بین آنها و خاتمی، مربوط می‌دانست و می‌گفت مردم به اندیشه‌ی اصلاح‌طلبی رأی ندادند و اصلاً «نمی‌دانند اصلاح‌طلبان دارای چه بنیان‌های فکری هستند.» (ایسنا ۱۳۸۳/۱۲/۲۴)
با گذشت زمان و بروز چالش‌های سیاسی نظیر وقایع ۸۸ نظر مطهری درباره‌ی دوگانه‌ی اصلاح‌طلبی / اصولگرایی تا حد زیادی تلطیف شد: «معتقدم اکثریت افرادی که نام خود را اصولگرا گذاشته‌اند...به تناسب شرایط سیاسی کشور و منافع خودشان موضع‌گیری می‌کنند.» (ایسنا ۱۳۹۲/۱۰/۱۷) این موضع مطهری شاید نشانگر دلزدگی او از اصولگرایان و گرایش به اصلاح‌طلبان نباشد، اما آشکارا واقع‌بینی او نسبت به جریان‌های سیاسی را نشان می‌دهد.
او اصولگرایی و اصلاح‌طلبی را مکمل یکدیگر می‌داند و معتقد است قشر معتدل این جریان‌ها فاصله‌ی زیادی ندارند. به زعم او اتفاقات دولت‌های نهم و دهم سبب شد برخی اصولگرایان در دیدگاه‌های خود تجدید نظر کنند. او تأکید داشت «جامعه از تندروی دو طرف زده شده و تشنه‌ی یک گروه سوم است.» با روی کارآمدن دولت یازدهم ظاهراً این اتفاق افتاد؛ روحانی دیدگاه‌های سیاسی-اجتماعی دولتش را ذیل گفتمان «اعتدال» ارائه کرد و اعتدالیون نیز جریان سومی تشکیل دادند که می‌توان مطهری را در این جریان دید؛ کمااینکه گفته است: «موضع سیاسی من به اصلاح‌طلب‌ها نزدیکتر است اما مواضع اجتماعی و فرهنگی من به اصولگراها نزدیکتر است... این راهی که ما می‌رویم یک راه سوم است«.
مطهری و انتخاب مردم
نقشه‌ی حرکت سیاسی مطهری جالب توجه است: در انتخابات ۸۴ حامی احمدی‌نژاد بود، سال ۸۸ به محسن رضایی رأی داد، سال ۹۲ حضور هاشمی را نیاز انقلاب می‌دانست و با رد صلاحیت او پشت روحانی ایستاد و دست آخر در انتخابات سال ۹۶ روحانی را «گزینه‌ی اصلح» معرفی کرد؛ آن هم این «حسن روحانی» که به گفته‌ی محسن رضایی «از اعتدال، به سوی اصلاح‌طلبیِ چپ متمایل شده است.»
اما مطهری به کار بردن واژه‌هایی مانند اصلاح‌طلبی و اصلاحات را درست نمی‌داند و می‌گوید: «وقتی که ما واژه‌ی اصلاحات را به کار می‌بریم، به این معناست که انحرافی اساسی در انقلاب رخ داده و ما سعی داریم با اصلاحات، انقلاب را به مسیر اصلی خود برگردانیم... ولی در این انقلاب، انحراف اساسی رخ نداده است.» (ایسنا ۱۳۸۳/۱۲/۲۴)
پایان دولت اصلاحات از نظر مطهری پایان «یک دوره‌ی انحرافی» بود. او از اداره‌ی کشور به دست احمدی‌نژاد خرسند بود و در نامه‌ای به رئیس دولت نوشت: «خوشحال هستم که پس از گذشت یک دوره‌ی انحرافی و خطرناک دوباره سکان اداره‌ی کشور در دست نیروهای متدین، اصولی و نزدیک به افکار شهید مطهری قرار گرفته است.» (ایسنا ۱۳۸۶/۲/۱۲)
مطهری به تبع مواضعش در دوران اصلاحات، در نخستین حضور خود در عرصه سیاست نیز در فهرست «رایحه‌ی خوشِ خدمت» (حامیان احمدی‌نژاد) قرار گرفت. هرچند ابتدا صلاحیتش احراز نشد، اما با تجدید نظر شورای نگهبان، وارد مجلس هشتم شد و در عین حال دولت اصولگرای احمدی‌نژاد را نیز از انتقادات خود بی‌نصیب نگذاشت و علی‌رغم فشارهای دیگر همفکران خود، راهش را ادامه داد و رفته‌رفته به منتقد اصلی دولت تبدیل شد؛ تا جایی که در انتخابات سال ۸۸ رأی خود را از احمدی‌نژاد به محسن رضایی تغییر داد. صراحت او در بیان انتقاداتش موجب شد که سال ۹۰ برخی گروه‌های راستگرا او را به اخذ مواضع «متناقض» و «دشمن‌شادکن» و تبدیل شدن به «تریبون رسانه‌های بیگانه و ایادی آمریکا و صهیونیسم» متهم کنند.
مطهری به طور مستقل وارد رقابت انتخاباتی مجلس نهم شد، اما بیشتر فهرست‌های اصولگرا نام او را در میان نامزدهای خود قرار دادند و او دوباره به عنوان چهره‌ای اصولگرا وارد مجلس شد اما این بار انتقاداتش وارد فاز جدیدی شده بود. دیگر تنها رفتار دولت نبود که صدای او را در مجلس بالا می‌برد؛ دورانی بود که به اعتقاد او بازار «فتنه» گرم بود و مطهری بدون در نظر گرفتن خوش‌آمدِ چپ و راست یکی از جدی‌ترین منتقدان این بازارگرمی‌ها بود.
حوادث دوران احمدی‌نژاد و تندشدن مواضع اصولگرایان خودبه‌خود مطهری را به اصلاح‌طلبان نزدیکتر کرد؛ یا به عبارتی مواضع معتدل او درخصوص وقایع ۸۸ و نقد دولت «مهرورز» بود که اصلاح‌طلبان را به این نماینده‌ی اصولگرا علاقه‌مند کرد.
با آغاز ثبت‌نام انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۹۲، علی مطهری پیگیر حضور مرحوم هاشمی در انتخابات شد؛ اما با رد صلاحیت وی و با حمایت آیت‌الله از حسن روحانی به تشخیص «رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام» اعتماد و حمایت خود از روحانی را اعلام کرد.
مطهری در جریان رأی اعتماد به وزرای پیشنهادی دولت نیز با گزینه‌های پیشنهادی روحانی از جمله «میلی منفرد»، «نیلی»، «دانش آشتیانی» و «فرجی دانا» موافق بود. او معتقد بود: «مجلس باید به انتخاب مردم احترام بگذارد و سعی نکند با بهانه‌های واهی مانند ارتباط با فتنه‌گران، وزرای کابینه را به رئیس‌جمهور منتخب تحمیل کند.» (ایسنا ۱۳۹۲/۵/۶)
حالا «راستی»ها آن‌قدر از «اصولگرایی» فاصله گرفته بودند که فاصله‌ی مطهری به جناح چپ، کمتر به نظر می‌رسید. مطهری در سومین دور حضورش در انتخابات مجلس در فهرست «امید» و چند فهرست دیگر اصلاح‌طلبان قرار گرفت، اما شورای نگهبان در بررسی‌های اولیه با استناد به قانون انتخابات در زمینه‌ی «اعتقاد و التزام عملی به اسلام و نظام مقدس جمهوری اسلامی» و «وفاداری به قانون اساسی و وفاداری به اصل مترقی ولایت مطلقه‌ی فقیه» صلاحیت او را احراز نکرد.
مطهری در نامه‌ی اعتراضی خود به این شورا، استناد به این ماده قانونی را نادرست دانست و نوشت: «درباره اعتقاد به نظام جمهوری اسلامی، روشن است که اینجانب اعتقاد دارم... گرچه ممکن است برداشت من از «جمهوری اسلامی» با برداشت کسانی که به جمهوری بودن این نظام اعتقادی نداشته و برای مردم نقش چندانی قائل نیستند متفاوت باشد... همین‌طور است وفاداری اینجانب به اصل ولایت مطلقه‌ی فقیه، منتها باید برداشت درستی از این اصل داشت.» (ایسنا ۱۳۹۴/۱۰/۲۹)
در جریان انتخابات دوازدهم ریاست‌جمهوری، مطهری در مقابل چهره‌های اصولگرا، دوباره از روحانی حمایت کرد. او در بیانیه‌ای که چند روز پیش از انتخابات منتشر شد نوشت: «اگر کاندیدای دیگری غیر از آقای روحانی پیروز شود، بی‌توجهی به حقوق ملت و آنچه در فصل سوم قانون اساسی آمده است، از طرف برخی نهادهای امنیتی و اطلاعاتی و قوه‌ی قضائیه بیشتر خواهد شد.» (ایسنا ۱۳۹۴/۲/۲۴)
علی مطهری فرزند یکی از پایه‌گذاران انقلاب است؛ اما برای مصون ماندن از سرنوشت ناگوار سیاسی، این کافی نیست؛ کما اینکه فرزندان و اطرافیان بسیاری از مهره‌های مؤثر نظام از ابتدای انقلاب تا کنون لزوماً چنین مصونیتی نداشته‌اند. وزن سیاسی و جایگاه مطهری میان مردم را نیز نباید فراموش کرد. شاید بخشی از مدارا با مطهری به سابقه‌ی خانوادگی و انتصاب مطهری به جریان اصولگرایی برمی‌گردد، اما مقبولیت دیدگاه‌های مطهری میان جریان‌های سیاسی چپ و راست و اقبال عمومی مردم نسبت به نقدهای صریحش نسبت به کژی‌ها و کج‌روی‌ها، موقعیت ویژه‌ای به او داده است؛ به عبارت دیگر، کمیاب بودن رفتارهای سیاسی مطهری در سیاستمداران امروز جمهوری اسلامی و مواضع آزادمنشانه‌اش به او مقبولیت عمومی بخشیده و این جرئت بیشتری به فرزند شهید مطهری، برای پیگیری آنچه حق و تکیلف می‌انگارد، داده است.
دیدگاه‌های فرهنگی یک اصولگرا: چون ابراهیمِ بت‌شکن!
نگاه فرهنگی مطهری پسر اما مطابق با اصولی است که شهید مطهری ارائه می‌کند. مواضع او درخصوص حضور زنان در جامعه نیز طابق نعل به نعل پدر است: «(زن) باید با پوشش در جامعه حاضر شود ولی از اختلاط با مردان بپرهیزد و تا حد امکان مکان‌های جدا برای آنها در نظر گرفته شود... عقایدی باید آزاد باشد که ناشی از تفکر است؛ عقیده‌ی چهارشنبه‌سوری و سیزده‌به‌در مبنای عقلی ندارد و باید با آنها مبارزه کرد. ابراهیم بت‌ها را شکست و نگفت به احترام عقاید مردم بت‌ها را نمی‌شکنم. اینها زنجیره‌هایی است که مردم را باید از آنها آزاد کرد.» (ایسنا ۱۳۸۰/۲/۱۲)
او در زمینه فرهنگی هم منتقد دولت اصلاحات بود و می‌گفت: «تبلیغ آزادی و دموکراسی به مفهوم غربی آن، در نتیجه ترویج اباحه‌گری و انحطاط اخلاق جامعه، بی‌توجهی به برخی احکام اسلام مانند امر به معروف و نهی از منکر و مسئله حجاب و بطور کلی، عدم نظارت دقیق بر امور فرهنگی و اقتصادی، و... از جمله دستاوردهای منفی اصلاحات است.» (ایسنا ۱۳۸۱/۲/۷)
این نماینده‌ی مجلس معتقد است دولت موظف به اجرای آن بخش از امر به معروف و نهی از منکر است که از عهده‌ی مردم خارج و «مستلزم اعمال قانون» است؛ لذا دولت باید در تفکیک جنسیتی پیشگام باشد. او پوشش «نامناسب» برخی بانوان را نیز «عامل تحریک» و مستلزم «مبارزه» می‌داند. مطهری در راستای تزهای فرهنگی‌اش از بخشنامه‌ی جنجالی «قالیباف» شهردار تهران مبنی بر تفکیک جنسیتی و «جلوگیری از اختلاط کارمندان مرد و زن» قویاً حمایت کرد. مطهری در عین حال تأکید می‌کند: «بدیهی است که مبارزه با عوامل تحریک به معنی گرفتن و زدن و بستن و اهانت به بانوان محترم نیست.» (ایسنا ۱۳۸۵/۶/۱۳)
مطهری برای نظارت بر عفاف و حجاب در جامعه نیز استدلال می‌کند: «نمی‌شود بگوییم تحریک آزاد باشد و از آن طرف ارضاء ممنوع، زیرا عقده‌ی روانی ایجاد می‌شود؛ یا باید وضعیت را اروپایی کنیم یا اسلامی، چیز بینابینی نداریم.» (ایسنا ۱۳۹۲/۱۰/۱۷)
گویا هیچ دولتی توان راضی‌کردن مطهری در زمینه فرهنگی را ندارد؛ از اصلاحات گرفته تا مهرورزی و تدبیر، همه آماج انتقاد فرزند شهید مطهری در زمینه حجاب بوده‌اند. او خطاب به احمدی‌نژاد و مشایی به تندی از آنان انتقاد کرد و گفت حالا که وضعیت پوشش زنان چنین شده بهتر است به فکر گشایش کاباره و کلوپ شبانه برای ارضای جوان هم باشند! مطهری بابت رواج «ساپورت» و «بی‌توجهی» وزیر کشور روحانی به رحمانی فضلی انتقاد کرد، اما در عین حال گفت: «وضعیت حجاب نسبت به دولت گذشته تغییر چندانی نکرده است. مثلاً ساپورت‌پوشی از دوران آقای احمدی‌نژاد شروع شده است.» (ایسنا ۱۳۹۳/۳/۲۱)
اما مطهری معتقد است نظرات فرهنگی‌اش تند و افراطی نیست. او با اینکه مرزهای آزادی سیاسی را تا خط قرمز اقدام عملی و مسلحانه علیه نظام گسترده می‌داند، در حوزه‌های فرهنگی قائل به کنترل و نظارت است. اشکالات فرهنگی از نظر مطهری محدود به حجاب نیست؛ « به کار بردن اسامی و حروف انگلیسی، تبدیل کلمات عربی رایج به الفاظ فارسیِ نامأنوس، اکران برخی فیلم‌های سینمایی، ازدیاد تبلیغات تجاری در اماکن مختلف، و...» هم دیگر مشکلاتی است که مطهری را به اعتراض وا می‌دارد.
وقایع ۸۸ و رفع حصر: «این آقایان دچار توهم شدند»
علی مطهری نیز وقایع سال ۸۸ را «فتنه» می‌داند؛ با یک فرق اساسی: او تنها موسوی و کروبی را مسئول این حوادث نمی‌داند و معتقد است محاکمه یا مجازات باید شامل حال دو طرف ماجرا باشد.
بهمن ۸۸ مطهری در پاسخ به بیانیه‌ی میرحسین موسوی، نامه‌ی سرگشاده‌ای منتشر کرد و در آن ضمن تأیید حسن نیت «نخست‌وزیر امام(ره)» ، بابت ادامه‌ی بحران از او انتقاد کرد و گفت: «جنابعالی میلی به پایان‌یافتن این بحران ندارید و مایلید این شعله هرچند کمسوتر همچنان افروخته باشد، البته به زعم خود برای دفاع از حقوق مردم.» او ابراز امیدواری کرد راهپیمایی ۲۲ بهمن ۸۸ نقطه‌ی پایان این بحران باشد و تأکید کرد: «این حادثه‌ی مبارک را دور نمی‌بینم؛ زیرا جنابعالی را پیرو امام علی ـ علیه‌السلام ـ می‌دانم. فرضاً در ماجرای اخیر حق تماماً به جانب شما باشد، باید مانند امیرالمؤمنین به خاطر حفظ اسلام و وحدت اسلامی از حق خود بگذرید«.
مطهری «ادعای تقلب» و «دعوت مردم به خیابان‌ها» را اشتباه می‌دانست. وی معتقد بود «این آقایان دچار توهم شدند... فکر کردند این مردم تا پایان راه به دنبال آنها خواهند بود.» مطهری در عین حال معتقد بود موضع‌گیری‌های آنان «ناشی از تندروی‌هایی است که خود ما می‌کنیم.»
پس از حصر سران معترضان و طولانی‌شدن این حصر، مطهری جزء معدود افرادی بود که بی‌واهمه از این کار انتقاد می‌کرد و ضمن قانونی ندانستن این رویکرد، بر لزوم محاکمه‌ی موسوی و کروبی در دادگاه علنی تأکید داشت: «این را فراموش نکنیم که در سال ۸۸، هر دو طرف مقصر بودند و اگر میرحسین موسوی را برای محاکمه بیاورند، باید احمدی‌نژاد را هم محاکمه کنند.» (ایسنا ۱۳۹۲/۲/۸)
مطهری در نامه‌ای به آیت‌الله جنتی که ۲۶ مهر ۱۳۹۳ منتشر شد از وقایع ۸۸ با عبارت «برخورد خشونت‌آمیز با یک اعتراض آرام مدنی» یاد و از اظهارات او درباره سران اعتراضات ۸۸ انتقاد کرد. مطهری در این نامه با صراحت آورده است: «چرا این قدر از محاکمه اینها هراس دارید؟ آیا جز این است که نگران روشن‌شدن برخی حقایق هستید و تبلیغات چندساله نقش بر آب خواهد شد؟ «.
این نماینده‌ی مجلس از هر تریبونی برای اعلام نظر در این باره بهره می‌برد و چند بار در صحن علنی مجلس به این موضوع انتقاد کرده بود. ۲۱ دی‌ماه ۱۳۹۳ در نطق خود اظهار کرد: «اینجانب حصر خانگی آقایان موسوی، کروبی و خانم رهنورد را پس از پایان آشوب‌های خیابانی بدون حکم قضایی همچنان خلاف اصول متعدد قانون اساسی و ادامه‌ی آن را به زیان انقلاب اسلامی می‌دانم... هدف اینجانب دفاع از یک موضوع بزرگتر و آن رفتار اسلامی با منتقدان حکومت است.» سخنان او با اعتراض شدید جمعی از نمایندگان مجلس مواجه شد و در نهایت با شعار «مرگ بر فتنه‌گر» نطق وی نیمه‌تمام ماند و جلسه علنی برای دقایقی تعطیل شد.
پس از انتخاب روحانی به عنوان رئیس دولت دوازدهم و اظهارنظر او درباره رفع حصر، «آملی لاریجانی» نیز در پاسخ به رئیس دولت گفت : «شما چه کاره‌اید که بخواهید حصر را بشکنید؟» مطهری در این باره نیز ساکت نماند و در نامه‌ای به رئیس قوه‌ی قضائیه نوشت: «رئیس‌جمهور... وظیفه دارد که در دفاع از حقوق شهروندی ملت اقدام کند، خصوصاً که شعارهای مردم در انتخابات اخیر نشان داد که این موضوع خواست اکثریت ملت ایران است... شما که کاره‌ای هستید، برای حل این موضوع چه اقدامی کرده‌اید؟»(ایسنا ۱۳۹۶/۳/۱۲)
مطهری در یادداشتی با نقل یک خاطره از دیدار با آیت‌الله منتظری در آخرین روزهای حصر او نوشت: «به هرحال ما با او خوب رفتار نکردیم؛ همان‌طور که امروز با افرادی خوب رفتار نمی‌کنیم. شکستن حصر او مشکلی برای کشور ایجاد نکرد، شکستن حصر محصوران امروز نیز مشکلی ایجاد نخواهد کرد، بلکه موجب تحکیم وحدت ملی خواهد شد.» (ایسنا ۱۳۹۴/۹/۲۹)
ولایت فقیه و آزادی اندیشه
علی مطهری معتقد است تنها بیان آن دسته از عقاید که ناشی از تفکر است می‌تواند آزاد باشد. حتی اگر نتیجه‌ی آن تفکر مغایر با دیدگاه ولی فقیه باشد. او که در کتاب «اصلاح‌طلبی» در بیان اعتقادش نوشته بود «جریان معروف به اصلاح‌طلبی ولایت فقیه را مخالف دموکراسی می‌داند» و مخالف چنین برداشتی از اصل ولایت فقیه بود، از منظری دیگر، برداشت «اکثر اصولگرایان» از این اصل را نیز «اشتباه» می‌داند.
او که معتقد است «مرز التزام به ولایت فقیه، احکام حکومتی است»، درباره مسئله‌ی آزادی بیان و التزام به اصل ولایت فقیه نیز می‌گوید: «فکر می‌کنیم نباید هیچ حرفی خلاف نظر رهبری بزنیم، در صورتی که این‌گونه نیست و اشکالی ندارد که دیدگاه‌مان را، حتی اگر خلاف نظر رهبری باشد، بیان کنیم، اما متأسفانه عده‌ای فقط به چاپلوسی عادت دارند و کاسه داغ‌تر از آش هستند.» (ایسنا ۱۳۹۲/۲/۸)
وی با صراحت می‌گوید: «اگر مسئولی در شرایط غیرقابل انتقاد قرار بگیرد، هم خودش فاسد می‌شود و هم دیگران را به فساد می‌کشاند.» (ایسنا ۱۳۹۲/۲/۸)
ماجراهای مطهری و احمدی‌نژاد
مطهری مدعی است از آذرماه سال ۸۷ به این نتیجه رسیده بود که «ادامه‌ی دولت احمدی‌نژاد سم مهلکی برای کشور» است.
او که ابتدای امر حامی دولت احمدی‌نژاد بود خیلی زود به جدی‌ترین منتقد او درمیان اصولگرایان بدل شد. او اواخر سال ۹۰ طرح سؤال از رئیس‌جمهوری را برای اولین بار در تاریخ جمهوری اسلامی، در مجلس هشتم کلید زد. این طرح چند محور اساسی داشت: « عملکرد خلاف قانون رئیس دولت، عدم پرداخت سهم بخش تولید از هدفمندسازی یارانه‌ها، عدم توجه به تورم ناشی از حذف یارانه‌ها، مقاومت یازده روزه‌ی رئیس‌جمهوری در مقابل حکم حکومتی رهبر انقلاب مبنی بر ابقای وزیر اطلاعات، چگونگی هزینه‌کرد ۱۵۰۰ میلیارد بوجه‌ی ارتقای شاخص‌های فرهنگی کشور، سلب مسئولیت از دولت درخصوص قانون عفاف و حجاب و پافشاری بر آن، تأیید صحبت‌های مشایی و تأکید بر ترویج «مکتب ایران» به جای مکتب اسلام»، و این سخن احمدی‌نژاد که «مجلس در رأس امور نیست.»
مطهری «قانون‌گریزی احمدی‌نژاد» را انحرافی بزرگ می‌دانست و معتقد بود «مجلس باید همان زمان ایشان را برکنار می‌کرد؛ زیرا وقتی رئیس‌جمهور علناً بگوید قانون را اجرا نمی‌کنم، معنایی غیر از استبداد ندارد. متأسفانه مجلس به وظیفه‌ی خودش عمل نکرد. ما با ابزارهایی مانند سؤال از رئیس‌جمهور خیلی تلاش کردیم آقای احمدی‌نژاد را به راه بیاوریم، اما این اتفاق نیفتاد.» (ایسنا ۱۳۹۲/۱۰/۱۷)
فشار مخالفان، «قطار انقلاب» و مقصد مطهری
اصولگرایان که مخالف‌خوان خوبی در برابر اصلاح‌طلبان یافته بودند و بی‌دریغ از او حمایت می‌کردند، وقتی ورق برگشت و مطهری به منتقد جدی دولت منتسب به اصولگرایان تبدیل شد، کم‌کم نه تنها پشت او را خالی کردند، بلکه هجمه‌های گاه و بی‌گاهی علیه او راه انداختند. ظاهراً مطهری در بیان دیدگاه‌هایش حاشیه‌ی امنی دارد که البته با نگاهی دقیق‌تر این امنیت با صراحت او رابطه‌ی معکوس دارد. حمله به او در شیراز، نطق نیمه‌تمامش در مجلس، شعارهای تند سازماندهی شده در راهپیمایی روز قدس و ده‌ها مطلب تندی که در نشریات راستگرا علیه او نوشته شده نشان می‌دهد این حاشیه‌ی امن، قابلیت بالایی برای تبدیل شدن به گوشه‌ی رینگ دارد!
در این میان حوادث ناگواری رخ داده که مطهری با جدیت آنها را پیگیری کرده است. ۲۲ تیر ماه سال ۹۲ مطهری در بیانه‌ای مدعی شد ۹ نفر شبانه به دفتر کارش در مجلس رفته و «دستگاه‌های مختلف استراق سمع و فیلمبرداری» نصب کرده‌اند. او با اعلام این مطلب از وزارت اطلاعات خواست «در اسرع وقت توضیح کافی درباره این حادثه اسفناک و این اقدام غیرقانونی و خلاف قانون اساسی و منطبق بر قانون جنگل بدهد» و گفت «زمانی که با یک نماینده شناخته‌شده مجلس این‌گونه رفتار می‌کنند، معلوم نیست چه ظلم‌هایی در حق مردم عادی روا داشته می‌شود.»
چهار ماه بعد مطهری بیانیه‌ای در سایت خود منتشر و اعلام کرد: «کارگذاری دستگاه شنود... با هدایت یکی از معاونان مدیریت قبلی وزارت اطلاعات توسط چند تن از افراد زیر مجموعه او با انگیزه سیاسی انجام شده است و آن معاون و مدیر کل او هر دو از کار برکنار شدند... می‌خواستند نقطه ضعفی از ما بگیرند، آن را علم کنند و ما را وادار به سکوت کنند.».
۱۸ اسفند ۹۳ در اتفاق دیگری، او که برای سخنرانی به دانشگاه شیراز دعوت شده بود، در فرودگاه عده‌ای «معترض» مواجه شد که با چماق و سنگ و گاز فلفل به تاکسی حامل او حمله کردند. مطهری هم از عاملان این حمله شکایت کرد و اعلام رضایت را مشروط به محاکمه‌ی آمران حمله دانست.
فشارهای کسانی که مواضع مطهری را خلاف منافع خود می‌بینند تا راهپیمایی روز قدس سال جاری کشیده شد. عده‌ی اندکی از «تندورها» بطور سازماندهی شده در مسیر حرکت برخی مسئولان مانند رئیس جمهوری، و معاونانش و نایب رئیس مجلس قرار گرفتند و با شعارهایی نظیر «مرگ بر فتنه‌گر» و «مرگ بر منافق» از آنان استقبال کردند.
پس از آن مطهری، دادستان تهران را در معرض یک «آزمون بزرگ» دانست و در اینستاگرام نوشت: «باید ببینیم قوه قضائیه... با تعقیب مجرمان استقلال و عدالت خود و قوه‌ی قضائیه را نشان می‌دهد یا با چشم‌پوشی از آن، گرایش سیاسی را بر اجرای حق و عدالت مقدم می‌دارد؟»
مطهری درباره‌ی توهین‌کنندگان به خود معتقد است: «این افراد مستضعف فکری هستند که با چند دقیقه صحبت با آنها و آگاهی از واقعیات، طرفدار می‌شوند.» اما او از توهین به مقامات و شخصیت‌های سیاسی نیز همواره گله‌مند بوده و می‌گوید:« «بنده ریشه این پرده‌دری‌ها را در مناظرات انتخاباتی (۱۳۸۸) می‌دانم.»
مطهری کسی نیست که در قبال جریان‌ها و رویدادهای جاری مملکت بی‌تفاوت باشد. شاید به همین دلیل عده‌ای لقب «صدای مردم» را برای او برگزیدند. لفظ عام «مردم» همواره از سوی جناحهای مختلف سیاسی برای مشروعیت دادن و موجه‌کردن یک خواسته یا یا عمل دستاویز قرار می‌گیرد اما بنا به هویت گوینده و ماهیت اتفاق می‌توان تشخیص داد که این «مردم» یعنی چه کسانی.
گرچه مطهری به عنوان نماینده‌ی مردم تهران، ری، شمیرانات، اسلامشهر و پردیس وارد مجلس شورای اسلامی شده، اما برجسته‌ترین موضع‌گیری‌هایش مربوط به اموری است که دایره‌ی شمول ملی دارد و از این حیث نمایندگی طیف گسترده‌ای از مردم را به عهده دارد که معتقدند خواسته‌هایشان عموماً از سوی نمایندگانشان نادیده گرفته می‌شود یا امکان طرح ندارد. جسارت مطهری در بیان صریح و آزادانه‌ی نظراتش او را از اغلب نمایندگان هم‌دوره‌اش متمایز می‌کند.
شاید اگر نمایندگان و افراد بیشتری صراحت در اظهار نظر داشتند و نظرات واقعی خود را درباره مسائل جاری کشور بیان می‌کردند، دیگر مطهری تنها «صدای مردم» نبود، هشتگ «مطهری تنها نیست» که در دنیای مجازی شکل گرفته بود، در دنیای واقعی عملاً اتفاق می‌افتاد.
مطهری نه یک اصولگرای دوآتشه و نه یک اصلاح‌طلب تمام‌عیار است؛ چه اینکه خودش این دسته‌بندی‌ها را قبول ندارد. با نگاهی به سرگذشت سیاسی او در سال‌های اخیر شاید بتوان گفت مطهری می‌خواهد یک «مصلح واقعی» باشد.
