متن نامه علی مطهری به حجت‌الاسلام والمسلمین مصطفی پورمحمدی به شرح زیر است:
جناب حجت‌الاسلام آقای پورمحمدی دامت برکاته
وزیر محترم دادگستری
با اهدا سلام، به عرض می‌رساند در صحبت خود در ارتباط با انتشار فایل صوتی مرحوم آیت‌الله منتظری، فرموده‌اید: «برخی دنبال تطهیر دشمنان خون‌آشام این ملت هستند که در قساوت و خونریزی به صغیر و کبیر رحم نکردند به طوری که همه افراد در ترس قساوت آنها بودند.»
متأسفانه این، مشکل کشور ماست که مسئولان به جای توضیح یک مسئله و پاسخ به سؤالی که برای برخی اذهان ایجاد شده است، به مغالطه می‌پردازند و از عواطف انسانی و دینی و انقلابی مردم بهره‌برداری می‌کنند و هیچگاه به سؤال مورد نظر پاسخ نمی‌دهند.
در موضوع فایل صوتی مذکور همه مسئولانی که پاسخ دادند صرفا به جنایتکاری منافقین از یک سو و عظمت شخصیت امام خمینی(ره) از سوی دیگر پرداختند و هیچ پاسخی به سؤال ندادند و در واقع توضیح واضحات دادند.
انحراف‌های فکری و جنایت‌های بزرگ منافقین بر همه روشن است و گروه فرقان هم که شخصیتی به عظمت آیت‌الله مطهری را به شهادت رساند شاخه‌ای از منافقین بود. این امر محل بحث نیست. محل بحث این است که با توجه به اینکه از نظر اسلام و در حکومت اسلامی حتی به چنین جانیانی و طرفداران آنها نیز نباید ظلم شود آیا شایعاتی که درباره اتفاق سال ۶۷ درباره نحوه اجرای حکم امام(ره) گفته می‌شود صحت دارد یا خیر؟
جنابعالی که همراه آقایان رییسی، نیّری و رازینی در متن این قضیه بودید باید ضمن توضیح ماجرا، یا می‌فرمودید این شایعه‌ها به هیچ وجه صحت ندارد یا می‌فرمودید ممکن است قصورهایی هم صورت گرفته باشد که در صورت اثبات از خانواده‌های آنها عذرخواهی و جبران خسارت خواهد شد.
این روش برخلاف تفکر رایج که کتمان خطاهای احتمالی را موجب تقویت نظام می‌داند و بلکه نوعی عصمت برای جمهوری اسلامی قائل است، موجب جلب اعتماد بیشتر مردم و استحکام افزون‌تر نظام اسلامی است.
از خدای متعال توفیق الهی روزافزون جنابعالی را مسئلت می‌کنم.
با تقدیم احترام - علی مطهری
