اولین نکته در نظام مدیریتی آب این برنامه این است که وزارت نیرو نقش پررنگ و محوری در هماهنگی بین دستگاهی با وزارتخانه‌‌‌هایی همچون جهاد کشاورزی؛ امور اقتصادی و دارایی؛ صنعت، معدن و تجارت و سازمان محیط‌زیست ایفا خواهد کرد. حال آنکه یکی از اصلی‌‌‌ترین عوامل شرایط کنونی در حوزه آب و چالش‌‌‌های شکل‌گرفته آبی همین وزارتخانه است. یعنی سیاستگذاری‌‌‌های غلط و عملکرد نامناسب این وزارت در دوره‌‌‌های مختلف خود یکی از عوامل اصلی شکل‌‌‌گیری وضعیت نامناسب کنونی آب کشور است. اینکه چه اتفاق و تغییری در شرایط این وزارتخانه شکل گرفته یا قرار است شکل بگیرد که این وزارتخانه از نقش بحران‌ساز آبی به رفع‌کننده بحران تبدیل شود مشخص نیست؛ اما آنچه مشخص است این است که هیچ برنامه اصلاحی در خصوص نحوه عملکرد و ورود این وزارتخانه در مسائل آب به‌طور عملی دیده نمی‌شود. در بند «ح» ماده ۳۸ این برنامه آمده است که «وزارت نیرو مکلف است تمامی پروژه‌‌‌های در دست اجرای خود را بررسی و نسبت به اصلاح اهداف و عملیات یا حذف پروژه‌‌‌های غیراقتصادی فاقد اولویت تا پایان سال اول اقدام کند.»
همان‌طور که مشاهده می‌شود، ملاک ارزیابی اقتصادی پروژه‌‌‌ها و محوریت همچنان با سودآوری است و مسائلی همچون ارزیابی زیست‌محیطی و رعایت اصول پایداری توسعه در این ارزیابی به چشم نمی‌‌‌خورد. به عبارت دیگر از دید این برنامه، صرف اقتصادی بودن یا نبودن یک‌پروژه در ارزیابی پروژه کفایت لازم را دارد و مسائل دیگری که حداقل در این بخش برنامه به دنبال بحران‌زدایی از آن است فاقد اهمیت است. این موضوع خود نقض هدف اولیه این برنامه در حل مسائل مربوط به منابع آب است و در عمل نقطه آغازین بسیاری از مسائل اقلیمی و منابع طبیعی مانند آب، توجیه صرف اقتصادی است.
در بخش «مدیریت مصرف و بهرهوری آب» این برنامه به‌منظور اصلاح الگوی مصرف بهینه آب و ارتقای بهرهوری محوریت همچنان بر قیمت‌گذاری آب آشامیدنی می‌‌‌چرخد و سیاستگذار نه سهم این آب در مصرف کلی آب در کشور و نه تاثیر و کشش قیمت آب بر مصرف آشامیدنی را در نظر دارد. به دیگر سخن، سیاستگذار نتایج افزایش قیمت آب در سال‌های قبل را در نظر نگرفته و همچنان معتقد است افزایش قیمت راهکار کاهش مصرف خواهد بود؛ حال آنکه کمتر نتیجه مطلوبی از چنین سیاست‌هایی قابل مشاهده است یا در خصوص آب کشاورزی، وزارت نیرو و جهاد کشاورزی مکلف به تعیین الگوی مصرف آب کشاورزی شده‌اند تا به صورت پلکانی قیمت‌گذاری در این خصوص صورت پذیرد؛ مساله‌ای که به‌طور کامل با واقعیت‌‌‌های موجود در خصوص آب کشاورزی کشور فاصله دارد.
مساله قیمت آب کشاورزی به‌رغم تمامی تلاش‌‌‌ها به دلایل متعددی از جمله تعریف‌نشدن قیمت آب کشاورزی که آن هم دلایل خاص خود مانند تعداد بالای چاه‌‌‌های غیرمجاز، استفاده بی‌‌‌رویه از آبهای سطحی، عدم‌امکان سنجش میزان آب مصرفی و… را دارد، در ایران موضوعی دشوار و پیچیده بوده که به‌راحتی قابل حل نخواهد بود. اینکه تصور شود این برنامه با سازوکارهای موجود خواهد توانست آن را حل کند، بسیار رویاپردازانه است. در این برنامه برای مدیریت آبهای سطحی و زیرزمینی راهکارهایی اندیشیده شده که با همین مساله دور از واقعیت بودن قابل بررسی است. به‌عنوان مثال، تامین آبیاری فضای سبز با استفاده از آب شرب در تمام اماکن عمومی و دولتی ممنوع لحاظ شده است؛ حال آنکه سازوکاری جانشین این موضوع و حداقل در این بازه زمانی پنج‌ساله دور از ذهن و واقعیت به‌نظر می‌‌‌رسد.
در خصوص بازچرخانی پساب نیز به‌طور صریح در ماده ۴۱ عنوان شده است که «رها‌سازی آبهای آلوده و آلوده‌کردن منابع آب سطحی و زیرزمینی ممنوع است.» این موضوع در حالی عنوان می‌شود که فاضلاب و پساب‌‌‌های مختلف شهری، صنعتی و کشاورزی به شکل عیان و غیرقابل کنترلی در اکثر مناطق کشور، به‌ویژه در مناطق غربی و ساحلی کشور وارد آبهای سطحی می‌شود و عملا راهکار مشخصی در این زمینه به چشم نمی‌‌‌خورد. همچنین بحث انتقال آب با مصارف شرب مجاز دانسته شده است؛ موضوعی کلی بدون تشریح استانداردهای اقتصادی و زیست‌محیطی آن که می‌‌‌تواند آسیب‌‌‌های بسیاری ایجاد کند. اما در همین چارچوب بهبود نظام مدیریت منابع آب نکات مغفول‌مانده بسیاری نیز وجود دارد.
شاید مهم‌ترین نکته در این خصوص، نادیده‌گرفتن دیپلماسی آب به‌رغم بحرانی بودن شرایط آب در مناطق مرزی کشور باشد. در واقع با وجود مسائل جدی و بحران‌های متعددی که در برخی از مناطق مرزی کشور مانند استان سیستان و بلوچستان وجود دارد، عملا هیچ‌گونه برنامه یا نقشه راهی برای این موضوع به چشم نمی‌‌‌خورد. در حالی که بخش عمده‌‌‌ای از مسائل فعلی و آتی محیط‌زیستی و غیر‌محیط‌زیستی در این مناطق راهکاری جز تقویت دیپلماسی در حوزه آب ندارد، به این موضوع به‌طور کلی پرداخته نشده است.
این موضوع که در غرب کشور نیز به‌مرور چالشی‌‌‌تر خواهد شد، بدون سیاستگذاری کلان صحیح، خطرات متعددی را در آینده ایجاد خواهد کرد یا در خصوص سازگاری منابع آب در شرایط تغییر اقلیم هیچ برنامه‌‌‌ای به چشم نمی‌‌‌خورد. در واقع با وجود جدی بودن مباحث مربوط به تغییر اقلیم در ایران و اثر مستقیمی که این تغییرات بر منابع آب می‌گذارد، برنامه یا سیاستی در این خصوص وجود ندارد. در بخش دوم که اصول و مبانی هدف‌گذاری‌شده برای سایر بخش‌‌‌های مرتبط با حوزه آب است نیز نکات قابل‌توجه بسیاری وجود دارد.
مهم‌ترین بخش‌‌‌ها بخش کشاورزی و هدف‌گذاری در زمینه توسعه آن است. در فصل امنیت غذایی و ارتقای تولید محصولات کشاورزی این برنامه، ضریب خودکفایی ۹۰درصد در نظر گرفته شده؛ اما اشاره‌‌‌ای به این موضوع نشده است که با کدام حجم آب قرار است این اتفاق رخ دهد. این سیاستگذاری در حالی است که مناطق بحرانی آب کشور در سال‌های اخیر رشد فزاینده و نگران‌کننده‌ای داشته‌‌‌اند. در مجموع فارغ از اثرگذاری یا عدم‌اثرگذاری چنین اسنادی بر عملکرد دستگاه‌‌‌های اجرایی، آنچه از این برنامه برداشت می‌شود، این است که در حوزه آب شاهد تحولی اساسی مطابق با وضعیت نامطلوب آبی کشور نخواهیم بود.
