عربباغی دلیل استعفای خود را کاهش اختیارات مناطق آزاد تجاری - صنعتی و تنزل جایگاه این مناطق در برنامه ششم، عدم اجرای قوانین و مقررات مناطق آزاد و تفیض اختیار وزارتخانهها به سازمانهای مناطق آزاد در محدوده های مصوب این مناطق عنوان کرده است.
فعلا آقای مرتضی بانک، مشاور رئیس جمهور و دبیر شورای عالی مناطق آزاد تجاری-صنعتی و ویژه اقتصادی در این خصوص اعلام نظر نکرده است.